回到德黑兰后，蒙塔泽里和贝赫什蒂在大学校园组织静坐，向政府施加压力，要求让霍梅尼返回机场。自1979年1月4日以来，政府由沙普尔·巴克蒂亚尔领导。尽管他默许了反对派的许多要求，释放了政治犯，放松了戒严令，解除了审查制度，并呼吁召开制宪会议来决定君主制的未来，但大多数反对派团体拒绝与他合作。
当伊朗国王于1979年1月16日离开该国时，巴赫蒂亚尔提议在巴黎与霍梅尼进行直接谈判。显然，他仍然希望霍梅尼能以宗教领袖而不是政治领袖的身份回归。据蒙塔泽里说，亚兹迪同意了，希望为他自己的集团保留权力。
然而，当记者在巴黎联系霍梅尼时，霍梅尼证实，只要他在巴赫蒂尔还在位，他就不会接受他。最终，政府被迫开放了机场，2月1日，霍梅尼胜利地返回了德黑兰。尽管在他回国后，霍梅尼再次强调，他将满足于扮演宗教指导者这个角色，不过接下来的几个月表明，他不愿意把权力留给别人。然而，这并不意味着他回国后已经为政府制定了具体计划。
然而，他继续在政治中扮演着核心角色，在做出任何重要决定之前，政客们继续咨询库姆的“伊玛目”成员。
他还开始在他和神职人员的控制下建立一个平行的革命机构结构。这导致了政治和军事领域的双重权力结构，这仍然是伊斯兰共和国的特征。因此，在任命巴扎根为总统后不久，他成立了一个由贝赫什蒂主持的革命委员会，它迅速成为临时政府的权力中心，有时甚至使得政府黯然失色。11个成员委员会最初由哈梅尼、拉夫桑贾尼、阿布杜尔卡里姆·穆萨维-阿德比利和马哈达维-卡尼以及巴扎根和来自巴黎的巴尼萨德、亚兹迪、科布扎德、哈比比和萨哈比组成。塔莱卡尼也是该组织的一名成员，但不经常参加会议，而蒙塔泽里则拒绝了任命，因为他想留在库姆，因此只是偶尔来参加。
伊斯兰共和党（IRP），它是在革命胜利后立即成立的。虽然它被设计成参与革命运动的所有政党和团体的平台，但它很快就被贝赫什蒂和拉夫桑贾尼控制，他们把它作为一种工具来对抗与巴扎根和巴尼萨德尔结盟的世俗团体的影响。这个党团所采取的重要作用将会在下一期讲述
随着神职人员进入政治领域，他们不仅夺取了这些职位，而且还夺取了前精英阶层的财产，他们的声誉开始下降。人们不再支持一个神职人员政府，而是越来越担心神职人员试图垄断权力。
虽然世俗的反对派仍然支离破碎，但IRP成功地将政治神职人员团结在其名单上，并在革命民兵的支持下成功地主导了这场运动。虽然一些世俗的反对派候选人退休了，以抗议IRP的压力和操纵，但它巧妙地利用清真寺来动员人民。
虽然议会的合法性因投票率低而被削弱，特别是在像库尔德人这样的少数民族中，但选举的结果完全有利于政治神职人员；它拥有55名代表，占据了73个席位中的三分之二以上。除了蒙塔泽里在选举的前一天公布参选后，还有许多著名的神职人员出席了会议。其中包括塔莱卡尼、贝赫什蒂、拉巴尼-希拉齐、梅什基尼、艾哈迈德·霍梅尼、巴霍纳尔和阿博波尔·侯赛因·达斯特盖布。除了巴尼萨德、贾瓦迪、埃扎图拉萨哈比、哈米多拉米拉和莫拉泽拉莫拉吉，只有少数温和派获得了一个席位。伊朗库尔德斯坦民主党领袖阿卜杜勒拉赫曼·卡塞姆鲁当选，但他无法参加，因为他在德黑兰面临着被逮捕的威胁
第二天上午，在专家大会的开幕仪式上，拉夫桑贾尼向代表们宣读了霍梅尼的讲话，他在信中宣布，他们不受草案文本的约束，因为宪法的主要标准是宪法是否符合伊斯兰教。他告诫代表们要尊重人民的意愿，他们在革命中为伊斯兰教而战，在全民公投中也投票支持一个伊斯兰共和国：
因此，人民投票支持一个伊斯兰共和国，这个共和国的宪法和其他法律必须基于伊斯兰教，因此，一名或多名代表向大会提出的任何反对伊斯兰教的投票或计划，都是反对国家和伊斯兰共和国家的。任何被选举产生的议会代表的授权都仅限于伊斯兰共和国的授权。对任何违反伊斯兰教或共和制度的提议的阐述或支持都超出了授权的范围。
他禁止所有非神职人员代表介入与宗教法有关的事项，因为他们没有从事这类事项所需的专门知识。如果任何代表受到西方或东方权力或思想的影响，他们不应寻求在宪法中引入这些思想。如果神职代表在草案中发现与伊斯兰教相反的段落，他们应该公开谴责他们，不要让自己被主导媒体的西化知识分子吓倒。在霍梅尼看来，代表们不受草案文本的约束，但他们也不能自由地讨论任何其他选择
温和派更希望塔莱卡尼和巴尼萨德来领导议会，但在一次秘密投票中，蒙塔泽里和贝赫什蒂被选为主席和副主席。临时政府敦促蒙塔泽里在一个月内批准该草案，但他坚持认为，代表们将需要更多的时间来进行讨论。在大多数会议上，蒙塔泽里把议会的成员留给了贝赫什蒂，他欣然承认贝赫什蒂有更强的战术和政治技巧。也是贝赫什蒂撰写了关于维亚拉特·法奇赫的文章，他为他们辩护，为这一概念的确实形成发挥了关键作用，但蒙塔泽里是其最资深的神职人员。
当大会于8月19日开始工作时，宪法草案的各部分被分为七个委员会，并根据其能力分配代表。贝赫什蒂则领导了宪法目标委员会，其中讨论了关键问题。委员会的其他成员中有梅什基尼、达斯特盖布、拉巴尼-希拉齐和IRP理论家哈桑·阿亚特，而唯一的温和派是贾瓦迪，他在最初的起草委员会。由于委员会的辩论没有会议记录，其成员的个人立场是未知的。考虑到他们在短短两周内就同意了第5条关于法的立场的问题，可以假定其批评者很快就沉默了。然而，当9月初向全体大会提出该条款时，它引发了一场有争议的辩论，许多代表反对授予法奇赫的权力。面对这个反对意见，蒙塔泽里警告说：“让先生们确信，我们永远不会支持一部不包括真正的法律问题和不基于伊斯兰教法的宪法。”伊朗人民选择了乌里玛，这样他们就有了伊斯兰宪法
值得注意的是，在霍梅尼的文章中，维拉亚特-法奇赫几乎没有发挥任何作用。在67次会议上，只有一次有代表提到它，称它是某个卡舍夫·阿尔加塔的文章——这显然故意掩盖了霍梅尼的身份，因为这是霍梅尼使用的笔名。奇怪的是，蒙塔泽里和贝赫什蒂也没有提到霍梅尼的文本，但一个有经验的法学家应该放置在伊斯兰系统，以确保伊斯兰法律的执行的概念已经显露。对这个概念中最直言不讳的批评者是自由主义者莫拉泽希、莫拉吉伊和萨哈比。他们指出，该草案已得到霍梅尼和其他高级神职人员的批准，尽管该草案没有规定法奇赫的立场。
他们还警告说，如果法奇赫被任命为国家元首，总统的职位将变得多余。
巴尼萨德尔警告说，法奇赫必须要拥有关于社会、经济和文化问题的知识，这意味着一个宗教学者可能并不完全适合统治这个国家。但是，他并没有公开反对这一原则，并且他在对第5条进行最后表决时仍然缺席。塔莱卡尼也没有公开反对法奇赫，但他担心一个新的独裁政权正在建立起来。他赞成如草案中所述，在一个文书委员会的指导下建立一个民选政府。尽管塔莱卡尼非常受欢迎，仅次于霍梅尼，但他的权力有限。在4月份，他的儿子们作为一个左翼游击队组织的成员被捕后，他担心自己会被袭击或监禁。
9月9日，就在对第5条进行最后表决的前几天，塔莱卡尼死于心脏病发作。随着他的去世，民主制度的支持者们失去了他们在议会中最杰出和最受欢迎的代表。随着数十万人参加塔莱卡尼的葬礼，德黑兰的公共生活陷入停顿。然而，在他死后三天，第5条被付诸表决。在最后的辩论中，莫拉吉作为对手的代表认为，尽管法奇赫没有被包括在草案中，但它已被霍梅尼、临时政府、革命委员会批准。法案认为，“伊斯兰教必须指挥政府，但伊斯兰教不能由一个群体（乌里玛）主导。”他警告说，“这场斗争是由所有的穆斯林人民开始的，但现在在我们取得胜利后，一些人想要处置他们的伙伴。”
贝赫什蒂在他的答复中认为，只有人民才能确保伊斯兰教的社会秩序。尽管当时没有提及这一概念，但贝赫什蒂声称，关于伊斯兰共和国的全民投票是人民希望建立伊斯兰共和国的证据。没有任何其他东西可以保证这个体系的伊斯兰性质。然而，贝赫什蒂也试图减轻人们对这意味着实行宗教独裁的恐惧：“第5条是否否定了公开投票的重要性？第5条是否破坏了基本的自由？第5条是否将所有权力归给某一特定群体或社会阶层？这是否意味着总统和总理从现在开始就应该是戴头巾的神职人员？我向你们保证任何发出这种质疑的人都对宪法毫无了解”
有趣的是，贝赫什蒂向他的批评者指出，在伊斯兰共和国，就像在其他意识形态系统一样，如毛主义汉地或马克思主义的保加利亚，自由是由特定的意识形态规定的：自由的条件是所有社会的都有一个特定的意识形态承诺，公众投票不是政府的唯一仲裁者。关键不在于领导人应该穿什么衣服，是教士长袍还是西装革履，至关重要的是我们的信条。我们的人民对保护我们的宗教很敏感，而不是对它的守护者的外衣很敏感。
在10月9日讨论关于法奇赫的立场的其他条款时，默罕默德·霍贾蒂-克尔马尼反对说，关于法奇赫的指定模式的第107条模糊不清，可能造成滥用。
该条以三票反对、六票弃权获得通过。内容如下：任何立法者如果他获得了宪法第五条的许可，那么他就是我们的效仿对象和绝大多数人民的领导者——如崇高的效仿源泉和革命领袖，伊玛目霍梅尼——他行使治理和所有的责任。如果是这样，由人民选出的专家将就所有有资格担任市长和领导人的人进行审查和协商。如果他们发现某一法学家有杰出的领导能力，他们将把他作为他们的领袖；如果没有，他们将任命三到五名具有必要领导资格的大法官，并将他们介绍为领导委员会的成员。
法奇赫的权力问题再次引起了许多争论。根据第110条，法院任命了监护委员会的六名法学家、司法部长、总参谋长、革命卫队指挥官（塞帕斯达兰）和其他几名军队高级军官。如果最高法院认定当选的总统有罪，或他没有履行其法律职责，或议会撤回其信任，他有权罢免他。此外，他有权赦免最高法院建议的囚犯。几名神职人员——其中包括鲁霍拉·霍梅尼的第二个儿子艾哈迈德·霍梅尼——警告不要把军事指挥权交给法奇赫，而是交给总统。阿亚图拉·纳泽尔·马卡雷姆-希拉齐警告说，这将进一步证实有关神职人员正试图建立一个新的独裁政权的怀疑
霍贾蒂-克尔马尼则警告说，“关于神职人员专制的谣言已经遍布全国。”明天，大批无家可归者、失业者、饥饿者和不满的人将与不满的知识分子会合，他们会因为政府的专制意图团结起来反对革命。然而，蒙塔泽里对这些指责不屑一顾，他指出这些批评神职人员专制的神学家是在助长反革命的恐惧，并指责他们过分关心西方的反应
在蒙塔泽里看来，法奇赫控制军事恰恰是在杜绝任何程度的专制，而给予总统军权则是对暴政的保护。在他看来，法奇赫作为一个公正和虔诚的人，他不受权力的诱惑，而总统可能会滥用他的权力。在关于这篇文章的辩论中，蒙塔泽里还宣称，在他看来，政治的合法性取决于法奇赫的批准。“要成为伊斯兰教，政府必须以上帝任命的领袖或中间人的身份为基础。”蒙塔泽里说，总统如果没有得到批准，哪怕得到了所有人的支持，他的命令也没有约束力。在他看来，法奇赫的认可决定了宗教政府和世俗政府之间的区别
虽然只有少数代表敢于在专家大会内公开表达他们反对“法奇赫”的意见，但公众对这一概念的批评却很普遍。宗教团体和世俗团体都抗议说，他们并没有通过革命来把权力交给神职人员手中。世俗反对派由新成立的民族民主阵线领导，而宗教反对派的主要政党是最近成立的穆斯林人民共和党。自辩论开始以来，两党都公开反对所谓的法奇赫专制，因此处于抗议活动的前沿。国民民主阵线成立于1979年3月，作为世俗民族主义力量的纲领。它的支持者对革命的方向感到震惊，并试图对抗该职员日益增长的权力垄断
6月22日，它组织了一场大规模的示威活动，以抵抗宪法大会的成立，后来又呼吁抵制专家大会的选举。8月，自由主义刊物《阿扬德甘》因批评法奇赫而被关闭，自由主义政党因此组织了大规模示威，抗议报纸的关闭和专家大会的开幕。穆斯林人民党的共和党也公开反对神职人员的统治。它在伊斯兰教派的支持下于1979年3月成立，是伊斯兰温和派的平台。伊斯兰教从来没有掩饰他反对霍梅尼的秘密。他认为，这一教义与伊斯兰教相反，因为它依赖于对古兰经的错误解释，而且它是不民主的，因为它剥夺了人民的主权。像其他温和的神职人员一样，他要求，除了关于君主制的条款外，1906年的宪法应该暂时恢复。
大阿亚图拉哈桑·塔巴塔拜-科米，他是对法奇赫而言的第二个有影响力的教士对手，也警告不要把权力交给一个人。他指出，这与宗教领域的结构不相容，而宗教领域的传统特征是宗教观点的多样性。各个不同的效仿源泉之间应该存在牵制，而不是法奇赫一家独大。面对对法奇赫只不过是一种新的独裁形式的指责，蒙塔泽里在公共场合多次为这一学说辩护。在塔莱卡尼去世后，他被任命为德黑兰星期五祈祷领袖，9月15日在扎赫拉公墓进行祈祷——这是在专家大会表决关于法奇赫的文章的两天之后。在他有几十万人参加的布道中，他认为人民投票给的不是一个民主共和国，而是一个伊斯兰共和国，这意味着人民可以选举他们的政府，但这个政府必须以伊斯兰教为基础。他声称，将国家置于一个人手中不会导致独裁，因为国家受伊斯兰法律的约束，因此不能自由地做他想做的事。
蒙塔泽里认为，与西方多数人决定国家的政策相反，伊朗人民投票支持伊斯兰共和国选择了基于伊斯兰教“意识形态”的制度。在这样的意识形态体系中，研究这种“意识形态”的专家被任命为国家元首是很自然的。
随着对神职人员试图垄断权力的批评继续，蒙塔泽里有些令人惊讶地肯定，所谓的专业神职人员绝非是教法学家。在11月30日的布道中，他强调，如同法律一样，在教法面前与公民是平等的。
就像总统一样，教法学家是由人民选举产生的（尽管是间接的），如果他不履行他的义务，他可以被人民取代。他还再次解释说，专家大会已监督这三个权力和其他关键职能，以防止总统滥用这些权力。然而，这种肯定很难缓和温和派的恐惧，他们越来越关切地看着专家大会把草案中规定的民主制度变成一个威制的神权政治。经过几个月的沉默，巴尔扎根在10月转向霍梅尼，要求他解散专家会议，因为它已经超过了最初赋予的权力，即修改和批准宪法草案然而，霍梅尼拒绝了他的上诉。1979年11月4日，“伊玛目路线”的学生占领了美国驻德黑兰大使馆，温和派和激进分子之间酝酿的冲突达到了顶峰。虽然霍梅尼最初似乎不确定该如何反应，但在沉默了两天之后，他支持占领，并派穆罕默德·科阿·尼尼哈作为他的代表，将学生们置于他的控制之下。当巴扎根意识到他无法解决这个问题时，他提出了辞呈，并于11月6日正式接受。在举行选举之前，巴尼萨德尔被任命为总统，革命委员会被任命负责行政长官。这就是11月11日宪法正式向公众提交时的情况。尽管据报道，霍梅尼对新制度的半民主结构感到不满，
温和派和自由派势力对保留给神职人员的权力感到震惊，穆斯林人民党领导的共和党呼吁抵制这次公投。当该党的精神领袖伊斯兰教徒在库姆的家中遭到革命民兵的袭击时，冲突演变成了暴力。为了抗议对其领导人的攻击和反对宪法，在库姆和大不里士举行了大规模的示威活动，那里的阿塞拜疆血统的伊斯兰教徒有许多追随者。霍梅尼于12月6日向他发出最后通牒，要求他解散他的政党，但示威活动仍在继续。经过几天的暴力冲突，伊斯兰党才最终让步。在接下来的几周和几个月里，他的许多支持者被捕，他的政党被解散，他被软禁在家。
最后，所有的抗议活动都毫无结果。在12月2日和3日的全民投票中，宪法以压倒性多数获得通过。因此，在伊斯兰历史上第一次，一个神职人员获得了最高的权力。然而，宪法不仅确立了统治法学家的职位，而且还确立了民主选举产生的总统和议会。它不仅规定所有法律必须以伊斯兰教为基础，而且必须根据选举方式所表达的公众舆论作出政治决定。显然，这不是一个连贯的系统，而是在不同的观点、概念和利益之间的不充分的妥协。这是为了满足政治光谱的不同目的，但最终将伊斯兰引入共和党制度导致了无法解决的矛盾，这些矛盾一直困扰着伊朗